Im Wasserpark Wennigsen strömt Wasser an mehreren Stellen in das Nichtschwimmer sowie das Schwimmerbecken. Es fließt zu den Überlaufrinnen im Schwimmerbecken, wo es durch Pumpen abgesaugt wird. Siebeinsätze und Laubfangrinnen nehmen bereits an dieser Stelle hineingewehtes Laub und andere Verunreinigungen ab und reduzieren so die Biomasse. Das Teichwasser wird dann in den unterhalb des Schwimmerbeckens gelegenen bepflanzten Regenerationsteich gepumpt. Dort wird die eingetragene Biomasse durch Mineralisierung umgewandelt und kann von den Pflanzenwurzeln als Nährstoff aufgenommen werden. Im Wasser gelöste organische Substanzen werden im Kieskörper bakteriell abgebaut. Nach einer Nachreinigung mit einem speziellen Substrat im Bodenfilter des Regenerationsbeckens wird das gereinigte Wasser zurück in die Schwimmteiche gepumpt. 

Um das Wasser der jeweiligen Wassertemperatur entsprechend maximal mit Sauerstoff anzureichern, wird ölfreie Druckluft fein verteilt in das Wasser eingeblasen. Schädliche Bakterien (z. B. Escherichia Coli) sind in diesem Milieu nicht lebensfähig.

Die Bepflanzung im Kieskörper der Regenarationszone sowie im Schwimmerbereich mit heimischen Wasserpflanzen dient der Aufnahme von Nährstoffen und ist neben dem Regenarationsteich für die Reinigung des Wassers unverzichtbar. 

Wie jedes biologische System braucht auch der Reinigungskreislauf im Wasserpark eine gewisse Zeit, um nach dem Winter "in Gang" zu kommen. Aus diesem Grund wird das Teichwasser bereits einige Wochen vor Saisoneröffnung eingelassen, damit sich der Prozess etablieren kann. 

Niedrige und hohe Wassertemperaturen beeinträchtigen die Reinigungsleistung. Ein schneller Wechsel von niedrigen zu extrem sommerlichen Wassertemperaturen stellt daher eine besondere Herausforderung für das System dar. Aus diesem Grund wird bei langanhaltenden Hochtemperaturphasen das Teichwasser durch Zugabe von Leitungswasser gekühlt. 

Die Qualität des Badewassers wird durch das Gesundheitsamt in wöchentlichen Beprobungen überprüft.